根据国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）规定，年终奖个人所得税扣税办法为：对于纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，“先将雇员当月内取得的全年一次性奖金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数”，再按“确定的适用税率和速算扣除数计算征税”。该办法在一个纳税年度内，对每一个纳税人只允许采用一次。
    第一种方法是，年终奖高于（或等于）费用扣除额的计算
    按照年终奖缴税规定，个人取得全年一次性奖金且获取奖金当月个人的工资、薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额3500元时，计算公式为：
    应纳税额=个人当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数，个人当月工资、薪金所得与全年一次性奖金应分别计算缴纳个人所得税。
    例1：李某2009年年终奖为12000元，当月工资、薪金收入为3900，则应纳税额为372元。
    1、12000÷12=1000（元），适用税率为3% 
    2、年终奖应纳税额为12000×3%= 360（元）
    3、当月工资、薪金所得应纳税额为（3900-3500）×3%=12（元）
    4、当月合计应纳税额为360+12=372（元）
    第二种方法是取得年终奖当月个人工资、薪金所得低于费用扣除额的计算
    如果在发放年终一次性奖金的当月，个人工资、薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将年终奖减除“个人当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，再确定年终奖的适用税率和速算扣除数。这时的计算公式为：
    应纳税额=(个人当月取得年终奖-个人当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。
    例2：刘某当月工资、薪金所得低于3500元(只有2900元)，2012年1月13日，该单位再向刘某发放年终奖4200元，因此，应将年终一次性奖金减除当月工资与费用扣除额3500元之间的差额后，计算缴纳个人所得税。据此，刘某在获得这笔年终奖时，应缴纳个人所得税108元。计算过程为：
    应纳税所得额为4200-(3500-2900)=3600（元） 

    3600÷12=300元，适用税率为3%，速算扣除数为0；
    应纳税额为3600×3%=108（元）
    第三种方法是年终奖除以12低于3500也要纳税
    特别需要强调的是，全年一次性奖金除以12后的余额，低于法定费用扣除额3500元也应该纳税。
    因为纳税人的费用扣除额在工资中已扣除，用全年奖金除以12，主要是为确定适用税率和速算扣除数，不能作为判断是否纳税的依据。
    例3：高某全年一次性奖金为22800元，用全年奖金除以12后为1900元，虽然这低于法定费用扣除额3500元，但也应按相应税率缴纳税款2175元。
    22800÷12=1900元，适用税率为10%，速算扣除数为105
    应纳税额为22800×10%-105=2175

个人所得税的具体扣除办法，请参阅公司网站政策法规专栏《中华人民共和国个人所得税法》、《中华人民共和国个人所得税法实施条例（2008修订） 》 

《国务院关于修改《中华人民共和国个人所得税法实施条例》的决定》